🔬生物学正在变成软件——Matt McPartland 与 Neil Patel,Chai Discovery
🔬生物学正在变成软件——Matt McPartland 与 Neil Patel,Chai Discovery
摘要
- Chai Discovery 有意不自己开发药物,而是向药企出售建模和产品层。 Matt McPartlon 表示,Chai 刚成立时,这一判断颇具争议。对话中提到的4家合作方是 Eli Lilly、Pfizer、Novartis 和 Genentech。Neil Patil 称 Chai“几乎是一家中立的软件工厂,专门帮助制造药物”。
- 商业化真正打开局面的是 Chai-2:针对50个靶点设计抗体,其中约一半找到了结合体,平均结合命中率约为20%。 团队最初选择的是有趣的靶点,早期许多靶点没有成功后,转而选择 CRO 目录中已经验证过的靶点。对话中“没有已知抗体结合体”的说法,适用于引用的冷冻电镜/数据泄漏检验所用靶点,并不一定适用于全部50个靶点。
- Chai-1 论文中的一次冷冻电镜验证产生了0.33埃的误差,大约是原子宽度的三分之一。 由于预测结构与电子密度点云几乎完全重合、肉眼看不出差异,团队最初认为结果一定有误。
- 价值不只是加快发现速度,还在于触达传统免疫方法难以实现的分子类型和作用机制。 Matt 提到精准 GPCR 激动剂、多特异性形式和双特异性抗体;在传统筛选中寻找两个彼此独立的结合体,会把难度叠加起来。
- 表位预测——判断治疗分子应该在哪里结合——被认为更难,而且基本仍未解决。 Matt 在不确定的情况下提到,AlphaFold 2/其 multimer 版本在抗体—抗原预测案例中的准确率大约为11%,意味着大多数案例都是错的。他说 Virtual Cell 可能是最接近当前前沿的方向,但距离成熟仍有一段路。
- 算力是生物 AI 面临的结构性逆风。 Neil 表示,在他的例子中,超大规模云厂商和头部 AI 实验室买下了约10,000块 B300 中超过95%,初创公司只能争夺剩余算力。模型中的 pair representation 和 L 的立方次方批处理,对算力和内存的需求不同于 LLM。Chai 还融资了另外4,000万美元,不是4亿美元。
- Chai 的产品刻意做成类似 CAD、而非聊天机器人的形态:它是分子领域的 Autodesk、SolidWorks 或 Figma,提供表位涂色工具,以及类似内容识别填充的结合体生成工作流。 单租户部署帮助解决了药企对 IP 的担忧,公司也会与合作方共同开发专用或微调后的模型版本。
- 这个领域希望从靶点发现、命中发现、优化层层推进的瀑布式流程,转向模型辅助的循环。 Matt 的研究北极星是直接由模型生成类药分子;产品北极星则是迭代式研发活动,最终可以从表位上升到通路等更高抽象层级。Matt 认为可以靠“意志力”消除的瓶颈是验证延迟,Neil 认为则是人才稀缺。关于扭转 Eroom 定律的讨论来自主持人的框架,并非 Chai 声称已经取得的结果。
精读
1. Chai 卖的是建模层,不是药物——这本身就是公司判断
- Matt 表示,Chai 从一开始就认定自己应该成为软件和建模层,这一判断“在当时非常有争议”。团队押注模型最终会强大到足以设计出有用分子。Multimer 结构预测在大约2021年才出现,而 Matt 认为它是打开设计能力的关键;随后逆折叠开始在真实实验中奏效,这得益于 Baker 实验室的验证工作。
- Neil 明确将 Chai 定位为不与客户竞争:Chai 不认为自己是一家要亲自开发药物的 AI 生物科技公司。他称其“几乎是一家中立的软件工厂,专门帮助制造药物”,因此可以支持药企推进药物发现。Matt 表示,Chai 的成功依赖合作伙伴成功。
- 对话中提到的4家合作方是 Eli Lilly、Pfizer、Novartis 和 Genentech。Chai 的核心价值在于规模化的通用能力:Chai-2 之后,团队没有只在1—2个靶点上证明成功就停下来,而是决定“全押上去”。
2. 为什么是抗体——以及现有最大竞争者是一只小鼠
- 对话使用了锁和钥匙的类比:与疾病相关的蛋白质是锁,抗体则是被设计来牢牢贴合它的钥匙。嘉宾将抗体描述为灵活、通用的蛋白质,其框架区域相对统一,结合末端则具有可变性。
- 抗体是 Y 形蛋白,结合发生在两端,框架区域相对恒定,在很大程度上可以从免疫系统已经识别的框架中选择。这使抗体成为有吸引力的设计对象:模型可以专注于“指尖”部分,同时保留熟悉的支架。
- Matt 表示,Chai CEO Josh 喜欢把公司最大的竞争对手称为“小鼠——或者说,在某些意义上,是自然本身”。传统发现流程可能包括免疫接种活动,或大规模酵母展示筛选。后者针对单个靶点至少要搜索数十亿个候选分子,最终可能得到1个、2个或十几个命中体。
- 局限在于,传统方法得到的命中体可能只证明了它会黏在靶点上。研究人员未必知道它在哪里结合、是否具备类药性,或是否具有目标治疗效果。
- Matt 还指出一个不对称性:预测已有抗体如何与靶点结合,出了名地困难;但设计可以更有选择地决定尝试哪些结构。如果模型拥有选择空间,它可能会主动挑选更容易解决的案例。
3. 精准性不只是速度——表位、选择性与交叉反应
- 主持人认为,Chai 的一个差异化优势是“有意图”:用户可以指定结合体应当接触的区域,随后检查经验证的抗体是否以预期姿态结合。这既有助于治疗机制推理,也有助于设计选择性。
- Matt 说,目标可以是一个特定表位,也就是结合位点,甚至可以精确到一组特定原子。历史上,暴力筛选可能只是在分子某处找到一个结合体,用户却无法控制它究竟从哪里“戳”入靶点。
- GPCR 是最典型的案例。Matt 将其描述为细胞膜上的“门铃蛋白”。如果抗体经过工程化设计,能够以特定方式刺激 GPCR,就可能触发下游级联反应,产生激动剂效果,而不只是阻断靶点。
- Neil 用药物开发举例定义交叉反应:一种药物可能需要同时结合人类和猴子的对应变体,才能在猴子身上进行测试。产品和模型可以识别保守区域并对其进行靶向。选择性则是反向问题——结合目标蛋白,同时避开一个相似的人体蛋白,因为意外阻断后者可能导致毒性或副作用。
- 当主持人将其描述成大规模反筛选时,Matt 收窄了说法:重点在于用户可以明确希望结合什么、避开什么。他表示,更大的模型最终可能同时纳入更多这类约束。
4. Chai-1 开源,是一次逼着团队补齐基础设施的工程
- Neil 表示,早期团队在做蛋白质设计时意识到需要 MSA 流水线和大量基础设施。AlphaFold 3 发布后,团队决定开源一个模型,并搭建支撑它所需的基础设施。对于主持人所说、这一项目也是学习如何建设生产级基础设施的方式,Neil 表示认同。
- 当时 Chai 只有5个人。开源 Chai-1 给了团队一个清晰目标,迫使他们以公司级而不仅是研究级的标准建设基础设施。
- MSA,即多序列比对,会向结构预测模型提供许多相关蛋白序列。保守氨基酸和协同突变可以暗示哪些位置在三维空间中彼此接近。主持人将其概括为:从进化中学习哪些变化能够保留或破坏蛋白质;Neil 也认为这种方法能够奏效非常不可思议。
- 早期发布故事体现了资源约束:OpenAI 联合领投了 Chai 的种子轮,5人团队曾在 Mission 区一间几乎空置的 OpenAI 办公室里工作。他们连续48小时赶完论文、网页服务器和技术报告。随后 Josh 在早上大约7:00接受 Bloomberg TV 或类似媒体采访,其余团队成员则躲了起来,导致采访者评论说这家公司看起来根本没有员工。
5. 模型内部:分词器、类语言模型主干和扩散组件
- Neil 对 Chai-1 的概括是:大致由一个分词器、一个 transformer 或类语言模型主干,以及一个类似图像扩散模型的组件拼接而成。这里的分词器并非传统的词语分词器:分子中的原子会被组合成 token,同时电荷、元素类型等属性也会被编码。
- 模型最终必须回到三维原子坐标。扩散组件负责将内部表示转换为预测结构。
- Matt 将 Chai-2 描述为全原子扩散模型。它不只是针对固定序列预测位置,还能设计原子、放置原子、决定哪些原子存在,再将这些原子选择映射回氨基酸。
- Chai-1 是折叠模型:给定序列,预测结构。Chai-2 是设计模型:给定目标结构,生成计划与之结合的候选分子。Matt 表示,大约在录制前1年,这一能力跨过了抗体设计的实用门槛。
- Matt 认为,拥有生物学学位并不是从事这一领域计算工作的前提。他将 AI 生物学比作视频模型:做底层机器学习问题,不需要先成为电影导演。对话提到,Matt 的背景是理论计算机科学;随后又说,除了 Matt 和 Kevin,研究团队大部分人都没有正式的生物学背景。
6. Chai-2 跨过实用门槛:50个靶点、一半找到结合体、命中率约20%
- 主持人用一个类比描述 Chai-1 与 Chai-2:Chai-1 只是识别出一张图片里有一只猫,Chai-2 则是在指定场景中生成一只猫。更深层的区别是,Chai-2 必须同时生成序列和与之兼容的结构。
- Matt 表示,这一过程是迭代式的:模型可以调整结构,询问什么序列能够支撑该结构,再次调整,最终收敛到自洽的序列—结构组合。Neil 将这一过程比作类似 EM 的算法。
- 这次50个靶点的活动部分出于现实考量。团队最初选择了有趣的靶点,但湿实验流程尚在搭建,许多靶点没有成功。Matt 表示,大约一半靶点完全没有奏效,因此团队转向 CRO 已经验证过的靶点,并从这些目录中挑选了一组有趣的对象。
- 结果是:50个靶点中约一半找到了结合体,平均结合命中率约为20%。对话称,正是在这个阶段,药企开始看到该方法可能在其项目中奏效的迹象。
- “没有已知抗体结合体”这一说法属于后续验证案例。对于引用的 Chai-1 冷冻电镜工作,Matt 表示,相关靶点特意选择为没有已知抗体结合体,因此任何命中都将是该靶点首次已知的抗体命中。对话并未证明 Chai-2 的全部50个靶点都是按这一标准选出的。
- 商业层面的结果是,药企和生物科技公司开始主动询问能否使用该模型,Chai 因此搭建了产品,并筹集了服务这些需求所需的算力。
7. 没有直接真值时如何验证设计——以及0.33埃的意外
- 蛋白质设计缺少一个显而易见的 ground truth 指标。常见替代方法是,将设计出的序列输入一个独立的结构预测模型,检查它预测的结构是否与设计结构相似。
- Matt 直言这种方法存在失败模式:研究人员可能把自洽性“刷出来”,尤其是在模型反复生成几乎相同结构的情况下。因此 Chai 还会考察模型置信度和生成多样性。一个既自洽又高置信、但每次都生成同一序列和结构的模型,并没有证明自己具备广泛解决问题的能力。
- 物理验证速度很慢。冷冻电镜可以提供结构证据,但单次验证可能需要数月。Chai 也在开发可能预测实验室成功率的计算机内指标。湿实验反馈周期已经从数月缩短到数周,虽然仍慢于扩展 LLM 评估,但已经足以启动递归式自我改进。
- 在 Chai-1 论文中,团队将预测结构叠加到电子密度点云上,最初几乎看不到任何差异。Neil 给出的误差是0.33埃,大约相当于原子宽度的三分之一。团队认为结果不可能正确,实验室一定是把错误的设计发回来了。
- 被问到是否存在数据泄漏时,Matt 表示,该案例中的靶点特意选择为没有已知抗体结合体。因此,结果不能简单解释为模型复现了一个已知的抗体—靶点复合物。
8. 从 Chai-2.5 到 Chai-3:团队押注模型,而不是解剖失败案例
- Chai-2 之后,团队讨论过如何处理25个没有产生命中体的靶点。一种选择是详细研究它们的共同属性;另一种选择是押注扩大规模、改进模型,最终解决这些问题。Chai 选择了后者。
- Matt 将发布路径描述为渐进式迭代:Chai-2、Chai-2.5、Chai-2.7,最终到 Chai-3,性能逐步提升。
- 结合亲和力是一个主要维度。弱结合体并不够,Chai 希望生成达到或接近治疗级别的分子。可开发性同样重要,包括分子是否安全、稳定、可制造,以及是否不易发生自聚集。
- Chai-2.5 纳入了一项可开发性研究。Neil 表示,团队对这些性质得到的改善幅度感到相当惊喜。
- 主持人认为,与原始结构预测准确率相比,这些辅助性质可能更决定产品的实际效用。嘉宾同意这些性质很重要,但 Matt 表示,结构预测仍是有用基准,因为它拥有相对清晰的 ground truth。
9. 产品是分子 CAD,单租户部署解决了 IP 顾虑
- Neil 表示,最直观的界面本来会是聊天机器人,但团队最终选择了视觉化产品。他将 Chai 的产品比作 Autodesk、SolidWorks 或 Figma,而不是 ChatGPT。
- 这套设计工具类似 Photoshop 环境:用户可以载入分子、涂出表位,再通过类似内容识别填充的工作流生成结合体。产品还包含科学分析和绘图功能,帮助用户检查结果,避免以错误方式对模型进行条件设定。
- 药企对 IP 极其敏感。Neil 表示,早期人们告诉他,客户绝不会把专有数据放入共享平台,并在那里生成新药。他的安全背景帮助其设计了严格的数据分隔和单租户部署,使每个客户都拥有独立版本或账户。
- Eli Lilly 是早期合作方之一,曾与 Chai 密切合作开发第一版设计工具。对话称,在许多交易中,Chai 会与合作方共同训练或微调一个针对该合作方的模型版本;但对话并未说明这些细节对每一笔交易都是公开信息。
- 关于科学家的产品采用,Matt 表示,结果会创造“启动能量”。药企科学家很务实,可能先拿一个此前长期未解决的靶点交给 Chai。只要结果足够有说服力,他们就愿意试用产品。
- Matt 将此与自己销售安全产品时的经历作对比:当时他觉得客户在技术上没有那么成熟。而在 Chai,他表示合作方往往包括已经研究某个靶点5年、10年或20年的科学家。
- Matt 讲述了一位药企科学家的故事:在一次评审中,她因为 Chai 帮助为一个自己研究了10年的靶点生成了第一个初始结合体而落泪。
- 内部严谨性来自 Nathan Rollins 等人的加入。RJ 描述 Rollins 14岁时就开始在 Baker 实验室工作,18岁从 Harvard 毕业,大约21岁时在 Marks 实验室拿到 PhD。他起初持怀疑态度,但看到 Chai-2 的结果后表示,自己需要“把这件事做得无懈可击”,现在还没人应该庆祝。
10. 从瀑布到循环:两个北极星,以及一款注定被替代的产品
- RJ 将靶点发现、命中发现和优化描述为瀑布式流程,每个阶段都有一道闸门,耗时可能从数月到数年。早期尝试的成本很高。如果模型能够生成有潜力的候选物,流程就可能变成更像敏捷软件开发的循环。
- Matt 表示,Chai 不希望仅仅因为初始分子通常很差,就继续保留这些阶段区分。公司的北极星是直接由模型生成类药分子。他承认这会遇到许多障碍,包括更好的条件控制和强化学习系统,但认为目标可以实现。
- RJ 描述了两个表面上相互冲突的目标。研究侧希望生成越来越好的从头设计候选药物,可能先从拮抗剂等更容易的类别开始;产品侧则希望支持迭代式工作流,让实验室结果成为下一轮模型运行的条件输入。
- 两个目标可以共存,因为更难的分子类型需要更高层级的产品工作流。RJ 举例称,激动剂、双特异性抗体和 ADC 都属于这类对象。Neil 追问,模型如何可靠地一次性“拨动”细胞上的开关;这些正是产品未来需要支持的下一层抽象。
- Neil 表示,Chai-4 可能淘汰当前分子可视化产品的可能性让他“一度非常存在主义”。他接受产品可能只存在大约1年,将其作为交付价值、推动更好研究的桥梁。
- 今天的产品更像分子领域的 Cursor:用户检查化学键和分子性质。后续版本可能围绕表位选择编排研发活动,再围绕一条通路中的多个靶点编排活动,最终抵达“科学的外循环”。
- Chai 不运行自己的药物开发管线。内部科学团队维护基准集,其中既有已知治疗药物对应的靶点,也有专门用来推动模型能力的靶点。他们开展实验是为了验证和改进模型,而不是开发这些药物。
11. 表位预测是更难的问题,两位嘉宾都认为它仍然棘手
- 主持人认为,表位预测可能比寻找结合体更难。Matt 表示同意,称这是“荒谬地困难的问题”,因为它需要全局生物学背景,才能判断什么在发生相互作用、以何种方式相互作用。
- Matt 区分了几个层级:找出哪些蛋白质导致疾病,理解这些蛋白质如何相互作用,以及确定应该打断哪一种相互作用。需要阻断的具体位置就是表位。
- 当被问及假设出现 SARS-CoV-3、新型流感病毒或类似事件时,Matt 给出了一套带有保留的流程:运行结构预测模型,检查模型预测的结合位置;如果模型置信度很高,就使用该位点。他随即强调,结构预测总体上还没有解决。
- Matt 用“I think”和“like”等保留表达提到,AlphaFold 2/其 multimer 版本在抗体—抗原预测案例中的准确率大约为11%,意味着大多数案例都是错误的。对话并未确定这一11%数据的确切适用范围。
- 主持人解释说,抗体通过重组不同组成部分来识别陌生病原体,因此不像其他蛋白质那样拥有可借鉴的保守进化模板。Matt 认同这一框架。
- Matt 表示,Virtual Cell 可能是解决更广泛背景问题时最接近当前 state of the art 的方向,但距离成熟仍有一段路。
12. 经济学上的反问:重点是新分子类型,而不只是节省200万美元
- RJ 提出了经济学上的疑问:在一项成功的药物开发项目中,抗体发现可能只需在内部花费几百万美元,而整个项目可能耗资约5亿美元;通常被引用的26亿美元则包含了失败项目。如果 Chai 只是节省发现阶段的成本,产品为什么会如此有价值?
- Matt 首先质疑了这个前提。Neil 强调,精准设计抗体本身非常困难。Matt 更广泛的回答是,Chai 能够打开传统免疫方法难以触达的靶点、机制和分子类型。
- Matt 提到了 Chai-2 设计 GPCR 激动剂的案例。抗体可以被工程化设计为精准命中 GPCR 上的开关,而不是只在蛋白质某处结合。
- 他还提到多特异性和四头形式,这些分子必须从第一性原理出发进行设计。在双特异性抗体中,两条臂都必须分别结合不同靶点。如果每条臂产生结合体的概率都是十亿分之一,传统方法就会面临乘法级难题。
- RJ 补充了组合层面的价值:Chai 帮助的不是单一药物,而可能是合作方的一整个靶点组合。Neil 表示,平台让合作方能够在某个子领域集中学习,并将这些学习成果应用到多个项目中。
- 公司的使命是将药物发现“从科学实验变成工程学科”:用户应该能够声明式地定义希望获得的治疗性质,再由模型填补缺口。
13. 算力面向 LLM,工程基础组件反而成了瓶颈
- Matt 认为,阻碍科学走向工程化的首要问题是数据基础设施。生物学文件格式包含多份结构副本、未解析区域、替代位置、结构解析方式等大量边界情况。工程问题在于:是编码大量特殊情况,还是采用更简单、更有原则的方法。
- 当主持人提出是否可以让 LLM 处理解析时,回应是 LLM 未必知道所有相关边界情况。Chai 更偏好人类能够理解和审计的代码。
- Neil 的答案是算力。在现货和按需市场经历容量紧张后,Chai 决定自己购买硬件。他以市场上约10,000块 B300 广泛出货为例,称超大规模云厂商和头部 AI 实验室买走了超过95%,初创公司只能争夺剩余部分。
- Neil 表示,B300 和 Vera Rubin 等新系统是按 LLM 需求设计的,配有大型 KV cache,以及72块 GPU 彼此通信的配置。这些系统可能提供不错的性能,但算力和软件市场尚未针对生物模型优化。
- Matt 解释说,AlphaFold 2/3 类模型处理的是 pair representation,其规模大致为序列长度 L 的平方,而不是 L。批处理因此可能达到 L 的立方次方复杂度。结果是每个 token 的算力消耗很高,内存带宽开销也很大;即使层归一化也可能成为实质性瓶颈。
- Neil 另外指出,triangle layers 在现代 GPU 上成本高、效率低,因为它将较小的隐藏维度与较大的序列维度结合起来,形状正好与 GPU 最擅长处理的方向相反。他将其描述为用参数换算力。
- Neil 的基础设施解决方案是通过 Temporal 实现持久化执行。分布式模型调用可能因为不稳定的存储桶、数据库或 GPU 而失败。没有持久化执行,团队大部分时间都会耗在队列、重试和编排上。
- Chai 用 Temporal 处理数据库调用、副作用、模型调用和长时间运行的数据流水线,使失败可以自动重试,而不必为每种情况单独编写队列逻辑。
- 临近结尾时,Neil 表示 Chai 又融资了4,000万美元,需要购买另一座算力集群,以支持更大规模的推理和训练。他明确说不是4亿美元。他的结论是,可靠的工程基础组件将为更大胆的生物学工作提供支撑。
14. 简单性与 Bitter Lesson 的冲突——以及对数据效率的反驳
- Matt 表示,系统复杂化与“被 Bitter Lesson 彻底说服”在根本上存在张力。他以 AlphaFold 3 为例,谨慎地说其可能有23个子模块。复杂到这个程度后,很难理解修改一个模块会如何影响整个系统。
- Chai 办公室墙上挂着 SpaceX 的 Raptor 1 和 Raptor 2 发动机照片,提醒团队删除不必要的组件、简化系统。
- Neil 反驳说,AlphaFold 2 和 AlphaFold 3 的成功部分来自它们相对小型、数据高效、计算密集,并围绕大量归纳偏置构建。若移除这些偏置,就需要新的数据来源,或对数据采取根本不同的处理方式。
- Neil 提到一篇 Apple 论文,该研究在一个非常大的、源自 ESMFold 的数据集上进行蒸馏。他表示,模型确实获得了有用信号,但无法泛化,因为它是在做模式匹配,而不是推理。
- Matt 同意蛋白质结构数据很难处理:序列数据非常丰富,但实验结构数据少得多。序列数据帮助了 ESM 类模型,而将同样的方法直接应用于实验结构数据则困难得多。
- 他的解决方案是提炼 AlphaFold 中有用的思想,而不是复制整个架构。Triangle layers 就是一个例子:即使代价高昂,它仍然代表了一种有价值的归纳偏置,可以被修改并进一步构建。
- Matt 将此与自己的理论计算机科学背景联系起来。他的导师告诉他,永远不要低估多项式时间;Matt 的第一篇论文使用了一个 n 的20次方时间复杂度算法。更广泛的启示是,可以先允许解空间足够宽,再在后续阶段进行简化。
15. 商品化、数据护城河问题,以及药企作为资本配置者
- 主持人将蛋白质设计描述为拥挤赛道,可能已有10家或15家初创公司。他们还回忆了 RFdiffusion 发布后不久的一个案例:有人生成了皮摩尔级结合体,并用冷冻电镜完成验证。对话没有证明这些具体是 mini-binder。
- Neil 预计,一些分子类型会逐渐商品化,但更具挑战性的任务仍将由前沿模型服务。他将这一局面与 LLM 类比:开源模型可以覆盖部分使用场景,但闭源前沿模型凭借解决更难任务的能力,以及与之配套的更好产品,仍然捕获了大量价值。
- 他表示,产品层与模型层同样重要。如果缺少周边工作流和工具,用户未必会选择开源模型。即便 AGI 最终能够一次性完成所有工作,他仍预计产品在相当长一段时间内都很重要。
- Matt 认为,生物学缓慢的测量循环能够抵御即时商品化。公开序列数据可以构建基础模型,但有用的测量需要时间,也必须不断迭代。他表示,AGI 未必能立刻解决这些技术瓶颈。
- Neil 否认 Chai 不可能拥有数据护城河。他将公司与 Anthropic 和企业合作的情况作比较:企业数据未必可以被用于训练通用模型。Chai 正在投资于把算力转化为数据的方式,并利用合作方的需求来指导研究。
- 在许多交易中,Chai 会与合作方共同训练或微调专用模型版本。合作方可能拥有实验数据或偏好的性质,帮助模型在特定类别的靶点上表现更好。有时提升可以非常具体,例如确保生成的设计具备合作方偏好的某种性质。
- Neil 表示,Chai 没有建立自己的药物开发管线的计划。他看重的是激励一致性:改进模型、帮助合作方成功,再利用这些结果改进产品。
- Neil 认为,药企 token 的下游价值异常高,因为成功药物可以成为价值数十亿美元的资产。他表示,两款 GLP-1 药物合计可能代表一项价值1万亿美元的资产,并保留了相应的不确定性。
- 主持人而非 Neil 表示,直到大约3个月前,GLP-1 收入还超过 AI 实验室收入总和。另一位发言者指出,Genentech 曾是硅谷早期最重要的创业成果之一。
16. Eroom 定律、愿望清单与核心结论
- 对话将 Eroom 定律定义为倒过来的 Moore 定律:药物开发成本不是下降,而是在上升。主持人表示,这最终会使新增药物开发的边际回报转为负值。这是主持人的框架,并非经过测量的 Chai 结果。
- 另一位发言者推测,Chai 这样的公司可能帮助翻转或弯曲这条曲线。对话没有证明 Chai 已经做到这一点。
- 团队反复使用资本配置作为运营隐喻。Chai 将约10人的研究团队描述为把想法配置给算力;更广泛的公司在对话中约有30人,被描述为借助 AI 工具配置注意力和算力。
- Matt 认为可以用意志力消除的瓶颈是验证循环:能否即时知道一个蛋白质设计假设是否有效。他表示,这个领域目前仍然需要在黑暗中摸索。
- Neil 的答案是人才稀缺。许多技术能力很强的人进入 LLM、软件或 SaaS,相比之下进入计算生物学的人很少。他认为,部分原因在于这个领域不为人熟知,也缺乏视觉可访问性,而 Chai 正试图通过网站和产品改善这一点。
- Neil 的收尾判断是,生物学正在开始转向声明式的精密工程。折叠模型的误差已经在1埃以内,设计模型的命中率超过50%,这意味着一个96孔板里可以有48个有趣的结合体。他将这一转变类比为软件、Cadence 中的电路设计,以及机械 CAD。
- Matt 的收尾判断是,这个领域确实正在奏效:生命迹象已经出现,商业牵引力已经存在,同时仍有大量研究问题和容易摘取的机会。他表示,三维几何、扩散模型、类语言模型主干与核心机器学习的结合,使这一领域异常宽广,也可能产生重大影响。